Thomas Eckerstorfer studierte ‚Instrumentalpädagogik Klarinette‘ an der Anton-Bruckner-Privatuniversität bei Manfred Unterhuber und ‚Dirigieren‘ an der Musik-und-Kunst-Privatuniversität der Stadt Wien bei Prof. Georg Mark und Univ.-Prof. Andreas Stoehr.
Den Höhepunkt der Studien bildete sein Abschlusskonzert mit dem Bratislava Sinfonieorchester im großen Sendesaal des ORF in Wien mit Gustav Mahlers Totenfeier, Juni 2014.
2015 gab Thomas sein Operndebüt mit Mozarts Zauberflöte und dem jungen Opernensemble Oh!pera, im Frühjahr 2017 arbeitete er erstmals mit der Sinfonia Academica in Wien und der Philharmonie Salzburg im Brucknerhaus Linz zusammen.
Seit 2010 ist Thomas Eckerstorfer künstlerischer Leiter des grenzüberschreitenden (OÖ – Südböhmen) Jugendorchesters NordwaldKammerorchester. In Zusammenarbeit mit dem Gründer und Mentor des Orchesters Norbert Huber entstanden zahlreiche spannende Projekte, wie Aufführungen von Anton Bruckners Te Deum in Kirov (RU) und Mozarts Requiem, gemeinsam mit dem Wiener Chor coro siamo in Wien und OÖ.
Im Sommer 2017 dirigierte Thomas Eckerstorfer die sehr erfolgreiche Uraufführungsserie des – eigens für diesen Anlass entstandenen – Bühnenwerks Tristan Schulzes „Die Leinenhändlersaga“.
Neben seiner Laufbahn als Dirigent ist Thomas Eckerstorfer als Lehrer im Landesmusikschulwerk Oberösterreich tätig und unterrichtet dort die Fächer ‚Klarinette‘ und ‚Ensembleleitung Blasorchester‘.
Am Pult der Wiener Konzertvereinigung debütierte Thomas Eckerstorfer im März 2013. Im Herbst 2017 wurde er zum Chefdirigenten des Orchesters gewählt.